In Silico Drug Discovery

インシリコ創薬を武器に、
患者とその家族を救う。

News
  • 2026.04.14コミュニティin silico 創薬コミュニティの第一回分子ドッキングコンペが終了しました。
  • 2026.04.06論文弊社代表の論文が公開されました(博士時代の Wet 研究)。論文リンク。化学反応を巧みに利用し、主鎖環状ペプチドを本来不可能な mRNA display を用いたスクリーニングを可能にした研究です。
  • 2026.04.01研究北海道大学関連研究拠点にて研究推進に従事しています。環状ペプチド創薬技術を活用し、研究プロジェクトの推進に参画しています。
  • 2026.01.31コミュニティin silico 創薬コミュニティを正式発足(Chiral協賛)。初心者歓迎・定期コンペ開催・論文化支援・副業支援を柱とした創薬コミュニティです。
  • 2026.01.09出版『in silico ペプチド創薬の教科書』を出版しました(Zenn Books)。環状ペプチドの De novo デザインから MD シミュレーションによる最適化までを体系化したペプチド創薬専門の包括的実践書です。
  • 2025.11論文共同研究の成果が国際誌 Molecules にアクセプトされました。『Identification of KKL-35 as a Novel Carnosine Dipeptidase 2 (CNDP2) Inhibitor by In Silico Screening』。PC 1 台からの創薬・論文化の可能性を示す成果です。
  • 2025.08.16〜10.14セミナーケモインフォマティクス若手の会 勉強会を実施しました(@cheminfo_wakate)。in silico 創薬実践書を用いた実践解説セミナーで、創薬設計から MD シミュレーションまでの流れを解説しました。
  • 2025.01.09出版『【完全版】In silico創薬実践書 ~おうち創薬で論文を書こう~』を公開しました(Zenn Books)。タンパク質準備から MD シミュレーション・物性評価までを網羅した中級者向け実践書です。
  • 2024.09.01設立Bara Pharma(屋号)を設立しました。
代表メッセージ

私には、慢性疾患を抱える家族がいます。
当事者の苦しみも、それを支える家族の不安や葛藤も、身近で感じてきました。

創薬は、ただ一人を救うものではありません。
その家族、その周囲、その未来までを救う可能性がある ――
そう信じて、私は創薬研究の道を歩んできました。

ただ、研究の現場では、研究者自身の苦しみにも向き合うことになります。
挑戦的なテーマほど成功率は低く、上手くいかない場合は業績となりにくく、
また様々な事情で研究機関を離れれば、研究を続けたくても続けられない ――
そんな声は、少なくありません。

私自身も、その一人でした。
一度は研究を諦めましたが、インシリコ創薬に出会い、
今も働きながら研究を続けられています。

コンピューターを使った創薬 ― インシリコ創薬は、
PC一つから始められる、新しい創薬の形です。

治療薬のない疾患にも計算科学で新たな可能性を探れ、
どのような状況でも、いつからでも取り組め、論文として実績を積み重ねられる。

積み重ねた実績は、奨学金や助成金と繋がり、研究者を育て、
そして新薬創出へと踏み出す土台になります。

ウェット実験を重ねてきた研究者にとっても、計算と実験の融合は
より自由で効率的な研究を可能にし、新薬が患者に届く日を近づけます。

患者とその家族に、希望を。研究者に、挑み続けられる場を。

インシリコ創薬は、その両方を叶える道だと、私は信じています。

一緒に、インシリコ創薬に挑戦してみませんか。

新原 光貴(Koki Shimbara, Ph.D.)

Bara Pharma 代表

東京理科大学にて、新薬の低分子合成研究に従事後、東京大学理学系研究科にてペプチド創薬で博士号を取得。IT企業、外資系ライフサイエンス企業を通じて、DX支援やデータサイエンスに従事。2023年よりIn silico創薬を習得し、2024年にBara Pharma創業。現外資系ライフサイエンス企業のバイオインフォマティシャン、現北海道大学ワクチン拠点招聘教員。

新原 光貴
ミッション

インシリコ創薬を通じて、
患者とその家族に希望を、研究者に挑み続けられる場を。

Vision
01

新薬を患者とその家族に届ける

まだ治療薬が存在しない疾患に対しても、計算科学の力で新たな可能性を探り、ウェット実験との融合によって新薬が患者に届く日を近づけます。

02

創薬を身近にし、研究者が挑み続けられる基盤をつくる

PC一つから始められるインシリコ創薬を通じて、どのような状況でも、いつからでも取り組め、論文という形で実績を積み重ねられる。その実績が奨学金や助成金と繋がり、研究者を育て、新薬創出への土台となる。そんな基盤をつくります。

強み

wet × dry の統合理解

wet 研究者かつ dry 研究者としての知見を持ち、wet 環境を意識しながら dry 解析・環境構築・解析手法をご提案いたします。実験現場の制約やニーズを踏まえた、実践的なインシリコ解析をご提供いたします。

POC 設計力

これまで様々な技術を設計・開発してきた経験を基に、お客様のアイデアが実装可能かどうかをすばやく検証いたします。アイデアの実現可能性を科学的に見極め、最短ルートで形にするまでサポートいたします。

最先端技術の継続的アップデート

日々進化する最先端のインシリコ創薬技術を常にキャッチアップし、書籍・セミナー・コミュニティを通じて公開・共有しております。最先端のアルゴリズムを常に取り入れたサポートをお届けいたします。

技術領域

得意領域:ライブラリ構築 → インシリコスクリーニング → MD simulation

化合物ライブラリ(低分子・ペプチド)の構築から、インシリコスクリーニングによるヒット化合物の探索、分子動力学(MD)シミュレーションによる結合安定性の評価、そして最終的なリード化合物の最適化まで、一気通貫で対応いたします。この一連のワークフローが当社の最も得意とする領域です。

得意領域:ライブラリ構築→インシリコスクリーニング→MDシミュレーション→最終化合物

低分子インシリコ創薬

インシリコスクリーニングAutoDock Vina, Smina, 機械学習モデル構築・評価
MD シミュレーションGROMACS
Free Energy 解析MM-PBSA, MM-GBSA, WaterSwap
フラグメントベース創薬FBDD, FEgrow
ファーマコフォア創薬Pharmit, PharmacoNet

インシリコペプチド創薬

ペプチドスクリーニングAutoDock CrankPep, 機械学習モデル構築・評価
ペプチド MD シミュレーションGROMACS, OpenMM
Diffusion Model 設計RFdiffusion, ProteinMPNN, AlphaFold2, Boltz

論文化支援

研究ストーリー設計仮説構築・実験設計・データ解釈の一貫性設計
論文作成支援英文論文起草・図表作成・査読コメント対応
学会発表支援発表資料作成・質疑応答準備・ポスター設計

経験技術(実験は行えませんが、解析ワークフローの構築などは可能)

有機合成(低分子)合成全般・保護基導入・脱保護基反応
分離・精製分液操作・シリカゲルカラム・再結晶
構造解析NMR(1H, 13C, COSY, HMBC, HSQC), IR
ペプチド合成Fmoc SPPS(固相法)・結合・切り出し・精製
分析機器HPLC, UPLC, MALDI-TOF MS, ESI-MS, LC-MS
生物活性評価in vitro アッセイ
サービス

初回コンサルティングは無料ですので、お気軽にご連絡ください。

研究者人生の最初の論文を一緒に出しませんか?

将来研究者を目指す方、アカデミアの研究を一歩先に進めたい方へ。研究を早い段階から始めることは、今後の研究者人生にとって非常に重要です。早期の研究実績は海外大学院への合格率を高め、学振などの各種奨学金の獲得にもつながります。経済的な余裕が生まれることで、アルバイトの時間を減らし、大学院での研究に集中できるようになります。インシリコ創薬を通じて IT やプログラミングを学ぶことで、ウェット研究と融合した独自性の高い研究が可能になります。

具体的なサービス内容

  • インシリコ創薬の研究伴走
  • 論文化サポート
  • 海外大学院へのサポート
  • アルバイト募集(適宜、アルバイトとして雇用することも可能です)

インシリコ創薬を一緒に取り組んでみませんか?

インシリコ創薬の共同研究を通じて、御社の創薬研究を一緒に推進しませんか。また、新しい技術を社内に導入する際、初心者にとって分かりやすい資料やプロトコルがないことに苦労されていませんか。本サービスでは、これまで技術書の作成で培ったノウハウを活かし、初心者にも分かりやすく丁寧な技術プロトコルを作成します。商用利用も可能で、ライセンスについても確認済みのツールを使用します。

具体的なサービス内容

  • インシリコ創薬の共同研究
  • 技術導入支援(社内向けプロトコル作成)
  • 技術コンサルティング

インシリコ創薬の技術を学んでみたいと思いませんか?

個人の方でも、予算などが厳しい状況であっても、まずはご一報ください。条件はございますが、共同研究として一緒に技術書を書くなど、柔軟な形でサービスをご提供できる場合があります。

出版書籍

LabCodeとの共同制作・監修による、インシリコ創薬技術書の一覧です。初心者向け入門書から論文化まで導く実践書まで、学びのステージに合わせてお選びいただけます。一度購入いただけると、アップデート版も引き続き読めます。再度購入の必要はありません。

お問い合わせ

一緒に、新薬創出を目指しませんか。

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